Luego de la participación de representantes de todas las áreas académicas, sedes regionales, personal administrativo y estudiantes de la comunidad universitaria, se obtiene el Plan de Desarrollo Institucional 2008-2012 coordinado por la Oficina de Planificación Universitaria.
Para la definición del Plan de Desarrollo Institucional, se plantearon seis ejes estratégicos, que permiten la interacción y la vinculación de todas las áreas sustantivas de la Institución. Estos ejes se han elaborado con la colaboración de la comunidad universitaria, por lo que en ellos se plasma el sentir de las personas participantes, así como el compromiso de la Rectoría.
Las líneas de acción planteadas establecen el desarrollo de actividades conjuntas con un enfoque multi, inter y trans-disciplinario, una en su diversidad, orientadas a mejorar la calidad de vida de la población costarricense y sin dejar de lado el ser una Institución con capacidad de diálogo y respeto.